En el 903 d.C., Menorca fue definitivamente ocupada por los árabes. Desde principios del siglo VIII había sufrido, como hemos mencionado anteriormente al hablar de las basílicas, diversas razzias y ataques por parte de los musulmanes. En 848-849 se produjo algún tipo de levantamiento (quizás sólo un ataque de tipo pirático), duramente reprimido por la flota cordobesa, tanto de Menorca como de Mallorca contra Abderramán II, el cual probablemente tenía con los baleares algún tipo de infeudación, pacto de no agresión o convenio comercial; no obstante, como había sucedido anteriormente con los vándalos y los bizantinos, la dependencia del emirato debía ser más teórica que real. Casi medio siglo después, sin embargo, 'Isâm al-Khawlânî, desviado por una tormenta hacia Mallorca cuando se dirigía en peregrinación a La Meca, se dio cuenta de que aquella isla era un enclave estratégico de primer orden y, al volver a Córdoba, convenció al emir Abd Allah de que había que conquistarla. Las fuentes de que disponemos no hablan explícitamente de Menorca, pero la conquista se extendió probablemente también a la menor de las Baleares y seguramente también a las Pitusas. 'Isâm al-Khawlânî fue nombrado valí (gobernador) de Mallorca y hemos de suponer que también de Menorca, en donde no parece que se produjera una entrada masiva de gente de etnia árabe o magrebí, sino sólo un barniz de islamización.

Desde el 903 (quizás 902 o 904) hasta el 1014, cuando el califato se desintegró, Menorca estuvo sujeta al dominio cordobés. Posteriormente, entre aquel año y 1115, formó parte del reino taifa de Dènia, como las otras islas, y después fue ocupada sucesivamente por los almorávides (hasta 1203), los almohades y, finalmente, una vez conquistada Mallorca por Jaume I en 1229, por las tropas catalano-aragonesas de Alfonso III el Liberal, en 1287.

Ahora bien, desde el punto de vista cultural, parece ser que el mundo islámico sólo aportó, como decíamos, un barniz bastante tenue que apenas se superpuso sobre el decadente mundo paleocristiano y bizantino de las basílicas.

Los restos materiales de aquella época, distintivos de una cultura musulmana, son, pues, bastante escasos: unas cuantas monedas, algunos fragmentos cerámicos, unas cuantas inscripciones y unos pocos restos arquitectónicos, más importantes en Mallorca (Baños Árabes, Almudaina, Alcazaba de Gomera-Castillo del Temple) que en Menorca, en donde, aparte del Castillo de Santa Àgueda, solo se pueden mencionar el denominado "Pont del General" (en Maó y con reservas) y, sobre todo, los restos de algunas mezquitas, la aljama de Madina Al-Yazira o Madina Manûrqa (hoy Ciutadella), un par de secundarias de la misma ciudad (documentadas en los alrededores del cementerio) y la rural de Sanitja, si bien la isla fue la heredera de una estructura agraria que aún hoy es reconocible en los barrancos del Sur.